потеря уровней должна приводить и к потере перков

Довольно-таки странно будет смотреться, т. к. это позволит перекачивать перса чуть ли не снова при неправильном билде.
А где страдания за то, что выбрал один неправильный перк и весь билд нужно перекачивать снова, забросив этот? Ну нет.
В этом что-то есть… своя романтика.

А это уже смотря как реализовывать. Может перк/навык станет просто недоступным до накопления опыта, может будет вариант перекачать.